联合舰队的主力战舰趁机全力输出，能量炮持续发射。神秘旗舰底部的能量核心区域被击中，冒出滚滚浓烟，开始发生连锁爆炸。随着一声巨响，神秘旗舰在耀眼光芒中化为碎片。

失去旗舰指挥，神秘组织舰队陷入混乱。联合舰队乘胜追击，对残余敌人展开清剿。经过数小时激战，神秘组织舰队被彻底歼灭。

解决了舰队，联合舰队开始对神秘组织的太空基地发起进攻。基地的防御系统虽强，但在失去舰队支援后，独木难支。联合舰队凭借默契配合和先进武器，逐步突破基地防线，摧毁了关键防御设施。

雷克舰长带领一支突击队，登上太空基地，与神秘组织的残余势力展开激烈近身战斗。经过一番浴血奋战，他们成功占领基地控制中心，关闭了基地的核心防御系统。

随着最后一批神秘组织成员被消灭，这场关乎宇宙命运的大战终于落下帷幕。联合舰队成功摧毁神秘组织的核心力量，宇宙迎来了久违的和平曙光。

战后，雷克舰长站在旗舰甲板上，望着满目疮痍但宁静下来的宇宙，心中感慨万千。这场胜利来之不易，是无数战友用生命和鲜血换来的。他深知，守护宇宙和平的道路还很漫长，但此刻，他们可以为逝去的英雄们默哀，为幸存的人们欢呼。