而各个重臣们也纷纷向朱载坖上疏举荐可以参与大计的官员，吏部尚书杨博举荐吏部左侍郎张四维出任，而已经致仕的前首辅徐阶和李春芳也通过密疏向朱载坖举荐赵贞吉和赵锦，高拱则举荐巡抚浙江都御史蔡国熙。

除了这些高级文官之外，朱载坖很清楚，大计需要的是大量有丰富经验的中低级官员，他们有着丰富的经验，对于地方州县、朝廷各衙门的行政运作都十分了解，同时对于很多官场的潜规则也是十分了解的，有他们参与大计，才能够保证大计的公平。

所以朱载坖在和一众重臣们商量之后，决定从都察院抽调御史三十名，六科抽调给事中二十名，朝廷六部等衙门抽调主事二十名，全国各地抽调考绩上等，德行高尚的县令三十名，再加上总理大计一员，协理大计三员，组成临时的大计考核衙门。

等到海瑞抵达京师之后，朱载坖第一时间召见了海瑞，朱载坖希望海瑞总理大计，全权负责这次对朝廷官员的考核，得知朱载坖准备把这么重大的任务交给自己，海瑞当即向朱载坖行礼说道：“臣敢不为陛下效死！”

朱载坖亲自起身，将海瑞扶起来说道：“海总宪说笑了，朕不欲海卿效死，但望海卿为国选贤。”

朱载坖为什么会选择海瑞，除了朱载坖知道海瑞绝对不会有道德问题之外，还有一点就是海瑞不可能是任何一派的人，他肯定不是王学门人，也不是清流，正是海瑞身上没有派系特征，才使得朱载坖愿意任用他。

朱载坖对海瑞温言说道：“朝廷进贤退不肖，全在海卿了！”

海瑞向朱载坖叩头道：“臣必为陛下，为大明，进贤退不肖。”

海瑞走后，朱载坖发布上谕，任命右都御史海瑞为钦命总理大计事务大臣，任命巡抚浙江都御史蔡国熙、礼部尚书赵贞吉、吏部左侍郎张四维为协理大计事务，将大计的主官和佐贰官予以任命。

同时根据重臣们举荐和吏部、都察院的考核，相应的科道言官、六部主事和县令也被下旨抽调而来，为了保证大计的绝对公正，大计除了官员之外，不用任何小吏，文书等事由官员们亲力亲为，还从锦衣都司抽调校尉，作为大计官员的随扈人员，当然，这些锦衣校尉还负责监督大计，有任何情况，锦衣校尉们都会直接向朱载坖予以汇报的。

这次的大计，采取的是先中央后地方，从上而下的考核方式，先对朝廷中枢各衙门予以考核，然后就是地方各省，一省一省的进行考核，除了在京侍郎、少卿、都御史以上，地方布政使以上的官员仍旧直接向皇帝上疏自陈之外，其余的官员都直接由大计衙门予以考核。