同时朱载坖命令都察院和科道，率先对户部、兵部、刑部、工部、总督仓场、提督盐政、提督海关、提督钞关、总督河漕等衙门和南北直隶、浙江展开清查，重点就是刑名和钱谷两项，严查贪墨和枉法之事。

向这些衙门和地方增派巡按御史和给事中，要求涉及的衙门和地方必须配合科道的工作，同时派出锦衣卫协助这些御史和给事中们清查账目案件。

在朱载坖的亲自点将下，翰林侍读学士王锡爵充户科都给事中，核查户部账目，翰林侍讲学士申时行充刑科都给事中，核查刑部案件，翰林侍读学士余有丁，充工科都给事中，核查工部账目。

翰林编修许国，充南直隶巡按御史，翰林编修王家屏，充浙江巡按御史，翰林编修沈一贯，充浙江道监察御史，翰林检讨沈鲤，充刑科给事中，翰林编修朱赓，充工科给事中，翰林侍读学士赵志皋，充户部给事中巡视提督仓场衙门，翰林编修张位，充户科给事中，巡视提督钞关衙门，翰林编修于慎行，充户科给事中，巡视提督盐政衙门，翰林修撰陈于陛，充户科给事中，巡视提督海关衙门。

而在朱载坖的诏书下达之后，最先响应朱载坖诏书的居然是严世蕃、赵文华、鄢懋卿、胡宗宪等人，他们纷纷通过密疏，向朱载坖表示，自己曾经在嘉靖年间有过贪墨，现在向朱载坖缴还贪墨所得的银两，请求朱载坖依律惩处他们，严世蕃缴还了十万两，赵文华、鄢懋卿缴还八万两，胡宗宪缴还六万两。

对于他们的懂事，朱载坖也表示满意，在批答他们的密疏中，朱载坖表示，卿等忠诚，朕已俱见矣！所献银两，交内承运库收储，至于世庙时旧事，朕自不追究，卿等奋勉勠力，·朕必有所报也！

在朝廷的强大压力下，也有不少官员向朝廷退缴赃银，但是朱载坖相信，还有大量的人在观望，看朝廷是不是要动真格的，对于这种人，不见棺材不落泪的。

面对朱载坖的整肃吏治的决心，朝廷上下都在议论纷纷，很多人认为这次恐怕又和当年太祖朝一样，要大开杀戒了，当然也有人认为不过是雷声大雨点小罢了，真要以贪墨来论的话，大明有几个真正的清官？

朝廷还要不要干活的，总不能把满朝官员都罢黜、流放、杀头吧？

这种想法，在朱载坖提出整肃吏治的时候就有人提出来了，不过朱载坖在和阁臣们商量之后，还是觉得要大规模的整肃吏治，当然，朱载坖的整肃吏治和太祖皇帝的肃贪是有不同的。