而且大明的治河方略本来就有问题，户部、工部会商此事时，就曾经定下过治河的大方略，就是：祖陵为国家根本，即运道民生，莫与较重。首先就是要保证凤阳的祖陵风水，其实朱载坖很怀疑凤阳的祖陵里埋的什么，毕竟以当年重八哥的状态，他还能找到祖陵也是一件很神奇的事情。

朱衡不同意潘季驯的意见，朱衡就指出，潘季驯把运河出口移到新庄闸，仍命名为“天妃闸”。然而新天妃闸口距黄河、淮河交会处仅200丈，黄河水仍然向运河倒灌，运河河底日益垫高，年年挑浚不已。加上黄河、淮河水流汇合，潆洄激荡，运河出口极为危险，威胁漕船的安全。

同时朝廷为了保障漕运所实行的各种政策也不尽合理，运河每年的上半年是最为繁忙的，朝廷规定：山东、河南漕船限每年农历三月初一日、江北漕船限四月初一日、江南漕船限五月初一日、江西、浙江、湖广漕船限六月初一日到达通州。

各漕船交卸漕粮之后，十日就得启程返航，对于朝廷来说，上半年是一定要保证运河通畅的，所以在漕运开始前和进行时，均要闭闸蓄水，保障运河的通畅，但是此举对于淮河沿岸的百姓来说就是极为痛苦的事情了，因为淮河流域的降水也主要集中在六七月。

漕运进行时，淮水上游支干各河来量极大，无法宣泄，使得整个淮河中游成为滞洪区，只能任其淹没泗州以西地区。若逢上游地区暴雨，短时间就能给河、湖各堤造成严重的威胁。整个淮河下游都会遭受严重的水害，而若是如潘季驯所言，将黄河入淮，水势会更加不可收拾，淮河下游将会遭遇极大的水灾，这是朱载坖所不愿意看到的。

朱衡为此多次上疏，指出可能发生的事情，因为大明的漕运不仅仅受水文的影响，往往还有各种的人为的影响，如沿河役吏的勒索、漕丁售卖所带货物、运河河道障碍等，会将漕运拖到秋季，这样的话，淮河沿岸的百姓所遭受的水灾就会更加严重。

所以朱衡认为潘季驯的这个方案难以实现，同时会造成淮河沿岸的百姓沉重的灾难，所以朱衡不同意潘季驯的方案。

朱衡直接指出了不管是潘季驯还是之前的治河官员，在治河的时候从来不考虑淮河两岸百姓的生计，漕船过淮后或附近的湖泊蓄水过多，官府会随时泄放， 湖泊与运河之间以及运河东侧淮城周边地区往往一片汪洋。在这些官员的心目中，千百万百姓的身家性命均是末叶琐事，只有漕运才他们心中的大局。

为了大局，牺牲一些细枝末节的事情，在他们看来是正常的事情，只要能够保住凤阳的祖陵和漕运的畅通，他们不惜使得整个淮河中下游成为泽国，放任百姓受害，这是朱载坖所不能接受的。

在这个问题上，地方官府和河道、漕运官员常常互相攻讦，地方官府的官员们认为河道漕运官员不体恤民情，而河漕官员认为地方官但知收割，不顾河工；即沿河居民，亦但保目前，苟且一时。双方经常通过奏疏交锋。