其中规模最大的就是湛若水在南京兴建的新泉书院和崇正书院，新泉书院的前主人为光禄寺少卿史后的府邸，史后是江苏溧阳夏庄人，为东汉溧阳侯史崇第45世孙。他与王阳明、湛若水都关系极佳，故而将自家的祖宅用作书院讲学之所。

在湛若水的运筹和经营下，新泉书院成为当时南京乃至全国响当当的书院。更是南京心学门人的聚集地，泰州学派创始人王艮专程来到南京，与湛若水、吕柟、邹守益、欧阳德聚讲于此。

而崇正书院则是现在江南最大的书院，是时任南直隶学政耿定向在南京清凉山麓兴办的书院，学生极多，在士绅们的鼓动下，大批的士子们聚集起来，在张居正的督师行辕外聚集，士子们要求张居正撤销催征的法令，认为朝廷催征是残民之举，要求张居正停止催征，舒缓民力。

同时他们认为严绍庭去无锡查办华家是陷害忠良，张居正作为督师，又是阁臣和帝师，应当勒令严绍庭停止加害忠良，同时上疏朱载坖，劝谏朱载坖不要搜刮东南，这才是臣子们应当做的。

而张居正在督师行辕之中，对外面的士子们视若无物，根本不管他们，但是张居正虽然不管，南京守备恭顺侯吴继爵和南京内守备刘忠已经如同热锅上的蚂蚁了，士子闹事在大明可不是小事，一旦闹大，张居正的帝师阁臣有朱载坖的庇护，自然可以全身而退，但是南京守备就很容易背锅。

之前南京乡试下第者数百人噪于文庙门外，徐鹏举以闻变坐视夺禄米。这就很不讲道理，落第士子闹事，和时任南京守备魏国公徐鹏举有什么关系？但是朝廷一出事那处置南京守备已经成了惯例，谁让你是勋臣呢？你不背锅谁背锅？

所以现在士子们闹事，最担忧的就是南京守备恭顺侯吴继爵了，一旦真的闹大，自己恐怕这个南京守备的位置还没有坐热就得被罢免。

吴继爵在乔装改扮，不敢带兵，生怕激怒了这帮士子，从督师行辕后门进入，求见张居正，张居正笑着问道：“恭顺侯此来何事啊？”

吴继爵心说你是不是傻，我来能为了什么事情，吴继爵说道：“阁老，外间士子纷扰，下官请阁老授以方略，下官好领命而行。”

张居正说道：“等陛下的圣谕到了再说。”张居正早在士子们开始串联的时候就已经上疏朱载坖，陈述了自己的意见。